Er komt een gerichte vrijstelling in de werkkostenregeling voor de vergoeding van thuiswerkkosten van € 2 per thuiswerkdag. Het betreft de kosten van extra water- en elektriciteitsverbruik, verwarming, koffie, thee en toiletpapier. Voor de kosten van het inrichten van een werkplek thuis bestaan al zogenoemde gerichte vrijstellingen. Voor een werkdag kunnen niet tegelijkertijd de vrijstelling voor een thuiswerkkostenvergoeding en de vrijstelling voor een reiskostenvergoeding woon-werkverkeer naar de vaste werkplek worden toegepast. Wel kan naast de thuiswerkkostenvergoeding een zakelijke reis naar een andere plek dan de vaste werkplek worden vergoed op dezelfde dag.
De regeling voor vaste reiskostenvergoedingen voor woon-werkverkeer werkt als volgt. Als een werknemer ten minste 128 dagen per kalenderjaar naar een vaste werkplek reist, mag de werkgever een vaste onbelaste reiskostenvergoeding geven alsof de werknemer 214 dagen per kalenderjaar naar die vaste werkplek reist. Voor de thuiswerkkostenvergoeding komt een vergelijkbare regeling. De 128 dagenregeling voor de vaste reiskostenvergoeding wordt wel aangepast. Nu is het mogelijk dat een werknemer, die op drie werkdagen per week naar zijn vaste werkplek reist en de andere twee werkdagen thuis werkt, voor die twee thuiswerkdagen de onbelaste reiskostenvergoeding behoudt. Met ingang van 2022 wordt de 128 dagenregeling zowel voor de vaste reiskostenvergoeding als voor de thuiswerkkostenvergoeding pro rata toegepast als structureel wordt thuisgewerkt.